El fondo bibliográfico de la Biblioteca de la USFQ está compuesto por las siguientes colecciones:

Colección General:

Libros seleccionados y actualizados en todas las áreas del conocimiento.

Colección Ecuador:

Libros cuya temática está relacionada con el Ecuador.

Colección de Referencia:

Diccionarios, enciclopedias, atlas, biografías, bibliografías, guías, manuales, directorios, etc.

Colección Archivo Vertical:

Hojas volantes, folletos y publicaciones de divulgación temporal.

Colección Especial:

Publicaciones anteriores a 1900, obras autografiadas, obras de valor editorial o literario especial.

Colección de Estudios Orientales:

Libros, audiovisuales y objetos relacionados con las culturas orientales, en sus respectivos alfabetos e idiomas.

Colección de Tesis:

Tesis de pregrado, de maestría y de doctorado presentadas en la USFQ y en otras universidades.

Colecciones del Banco Mundial, del Banco Interamericano de Desarrollo y de las Naciones Unidas :

La Biblioteca de la USFQ es depositaria de las colecciones de estas tres instituciones.

Colección En Proceso:

Obras que todavía no están en estantería pero que pueden ser solicitadas a los bibliotecarios.

Colección de Publicaciones Periódicas:

Suscripciones a los principales periódicos y revistas científico-técnicas.

Colección de Materiales Audiovisuales:

Colección de obras en formato no impreso, como videocasetes, CD-ROMs, DVDs, fotografías, transparencias, mapas, casetes, disquetes, etc.