Mediante un proceso de selección, se espera identificar aproximadamente  individuos interesados en la microbiología  con los siguientes atributos:

1. Interesados en expandir sus conocimientos en microbiología y hacer uso de ellos para su desarrollo profesional, sea que posean una formación previa relacionada a la microbiología (biología, tecnología médica, medicina,veterinaria, etc) o provengan de otras ramas afines.
2.  Poseedores de disciplina, ambición, capacidad de análisis y una mentalidad investigadora y creativa.
3. Que tengan un grado académico mìnimo de licenciado en ciencias (Bachelor of Sciences).
4. Que tengan conocimientos de inglés que les permita leer material científico en este idioma.
5. Que estén comprometidos en aportar a la ciencia y a ayudar a resolver problemas de la comunidad ecuatoriana

Una vez cumplidos los requisitos académicos y de investigación, La USFQ concederá el título de Master en Ciencia en la especialidad de Microbiología, equivalente al título internacional de Master of Sciences (MSc). La Universidad San Francisco de Quito, está legalmente reconocida por el estado Ecuatoriano mediante Decreto Ejecutivo No. 3166, publicado en el Registro Oficial No. 809 del 25 de octubre de 1995.

La maestría consta de 48 créditos de materias obligatorias y 12 créditos de materias optativas. El programa académico propuesto esta diseñado para ser concluido en 2 años, distribuidos en ocho trimestres con diez semanas de clase y una semana de exámenes. El inicio del trabajo de tesis se ha planificado para el tercer trimestre. La cantidad de horas de materia teórica por semana será de 9-12, más las horas de laboratorio que incluya la materia.

A lo largo de la maestría los estudiantes están sujetos a varias formas de evaluación que incluyen trabajos, proyectos, investigaciones, y la tesis o el proyecto final. Para recibir el título, es necesario que cada estudiante mantenga un promedio mínimo de 3 sobre 4 en todas sus clases. Los profesores de la maestría también son evaluados por los estudiantes al final de cada curso. Esto es con fin de que se mantenga un alto nivel de profesorado que llene las expectativas y necesidades de los estudiantes.

• Haber completado y aprobado los 60 créditos de clase
  
• Haber pasado los exámenes comprensivos. Se deja a criterio del director de tesis la modalidad del examen (escritos y/o orales).
  
• Haber formado un comité de tesis que se encargue de asesorar al estudiante en su investigación (el comité incluirá un miembro externo (fuera de la USFQ).
  
• Haber aprobado su tema de tesis y propuesta de investigación ante el comité
  
• Haber completado y aprobado (sustentado) la Tesis de Grado (20 créditos) mediante una presentación oral y defensa de la investigación frente al comité
  
• Tener un promedio acumulado de B
  
• No tener ningún pendiente en relación a las responsabilidades administrativas y financieras con la USFQ
  
• Haber aprobado satisfactoriamente sus obligaciones de docencia y trabajo de laboratorio.

Los trabajos de tesis serán publicados en un documento que seguirá las normas de la USFQ y en revistas internacionales de la especialidad. Los trabajos también serán presentados en foros nacionales e internacionales por los estudiantes.

Requisitos para el Ingreso

Para ingresar a la Maestría, los aspirantes deberán tener obligatoriamente un título universitario profesional otorgado por una universidad nacional o extranjera, equivalente a un "Bachelor" (B.S.).

Proceso de Admisión

1. Solicitar el paquete de admisiones
2. Enviar el paquete de admisiones a Dirección de Admisiones de la Universidad, la solicitud debidamente diligenciada e inscribirse para las pruebas de admisión. Además, y al menos tres días de anticipación a los exámenes, el aspirante deberá entregar en dicha Dirección la siguiente documentación:
   
   
   1. Fotocopia del título universitario
   2. Fotocopia de la Cédula de Identidad o Pasaporte
   3. Fotocopia del Certificado o Cédula Militar (Unicamente para ecuatorianos)
   4. Cuatro fotos tamaño pasaporte a color
   5. Dos cartas de recomendación de profesores, firmadas y en sobre cerrado confidencial (formulario incluidos en el paquete de admisón)
   6. Presentación del currículo de las materias aprobadas en pregrado y sus respectivas calefacciones.
   
   
3. Para estudintes que no residen en Ecuador se recomineda tomar el examen GRE.

1. Un examen general que incluye 3 elementos: habilidad lógica, verbal y cuantitativa
2. Examen de ubicación de Inglés (requisito para todas las Maestrías). Para ser admitido el aspirante deberá tener un puntaje mínimo equivalente al tercer nivel del Instituto de Lenguas Extranjeras (ILE) de esta Universidad.
3. Autobiografía
4. Dos cartas de recomendación de profesores.
5. Entrevista personal con el Director del Programa o con la persona asignada por el Comité de Admisiones.