High Performance Computing (HPC)

El HPC-USFQ es accesible a través de la red interna de la USFQ y está abierto para el uso de cualquier profesor-investigador a tiempo completo que esté interesado en usar el equipo. Sin embargo, es importante seguir un proceso de aplicación para convertirse en usuario del HPC-USFQ.

Toda aplicación debe ser enviada al Administrador del HPC-USFQ (F. Javier Torres: jtorres@usfq.edu.ec). El documento debe contener la siguiente información:

• Nombre del investigador principal y de los colaboradores
• Departamento(s) del investigador y de los colaboradores
• Descripción de la línea de investigación a desarrollarse
• Resumen de cada proyecto a desarrollarse
• Descripción de los productos que se esperan obtener en los proyectos (i.e., tesis, publicaciones locales, publicaciones internacionales, …)
• Lista y descripción de los programas que se requieran para el trabajo
• Justificación de la necesidad de cómputo de alto rendimiento para el trabajo

Antes de enviar cualquier aplicación es importante que el investigador interesado revise las políticas de uso del HPC-USFQ (descargar archivo PDF).

1. El uso del sistema HPC-USFQ es libre para todos miembros de la comunidad de la USFQ que requieran cómputo de alto rendimiento para sus actividades de investigación.
2. El acceso de cada investigador al sistema HPC-USFQ será a través de una cuenta personal cuya creación deberá ser aprobada previamente por el decanato del politécnico, el administrador y el decanato al que pertenece el investigador interesado. La autorización para la creación de una cuenta en el HPC-USFQ obedecerá a un proceso de análisis y evaluación de las necesidades individuales que tenga un investigador con respecto a espacio de disco, tiempo de cálculo, cantidad de memoria y facilidad para la implementación del programa a usarse.
3. El acceso remoto al sistema HCP-USFQ desde las instalaciones de la USFQ estará garantizado por el Departamento de Sistemas de la USFQ. Un usuario del sistema HPC-USFQ autorizado deberá solicitar al personal del Departamento de Sistemas de la USFQ (con copia al administrador) las configuraciones necesarias en su computadora personal que permitan el ingreso al HPC-USFQ.
4. Por razones de seguridad, no se podrá acceder al sistema HPC-USFQ desde una computadora que se encuentre fuera de las instalaciones de la USFQ. Solo en casos especiales, el administrador autorizará el ingreso de un usuario al HPC-USFQ desde una computadora que se encuentre fuera de las instalaciones de la USFQ y únicamente a través de una cuenta temporal.
5. Bajo ningún concepto se autorizará la creación de cuentas para estudiantes en el sistema HPC-USFQ. Esto no impide que un investigador comparta su cuenta con los miembros de su grupo de investigación, sean estos miembros de la comunidad USFQ o externos. Sin embargo se debe aclarar que el investigador a quien se le autorice al creación de una cuenta será considerado el único responsable del buen uso de la misma.
6. A cada investigador autorizado a usar el sistema HPC-USFQ se le asignará un límite de tiempo para cada trabajo de cálculo. La asignación del tiempo para cada cálculo se determinará en base a las necesidades que tenga cada investigador.
7. El envío de cálculos de todos los usuarios del sistema HPC-USFQ será organizado a través de un administrador de trabajos (job manager for HPC). Esto quiere decir que todos los trabajos que sean enviados al sistema HPC-USFQ tendrán un tiempo de espera que dependerá de los siguientes factores:
   • Tiempo de cálculo solicitado para el trabajo (tiempo máximo = límite asignado a cada usuario)
   • Número de nodos y cpus solicitados para el trabajo (número de nodos máximo = 4, número de cpus máximo = 16 × número de nodos)
   • Prioridad de ingreso asignada al trabajo (tipos de prioridad = normal, alta o administración).
   Cada usuario del sistema HPC-USFQ podrá enviar un número limitado de trabajos con prioridad alta que se renovará automáticamente cada mes. La prioridad para administración no estará disponible para usuarios ya que será reservada para trabajos de mantenimiento, desarrollo e implementación de programas en el sistema HPC-USFQ.
8. El sistema HPC-USFQ es un equipo diseñado para ser mejorado en lo referente a: (i) capacidad de procesamiento (incorporación de nodos), (ii) capacidad de almacenamiento (incorporación de discos), y (iii) optimización de aplicaciones (desarrollo y mejora de programas).
   Es recomendable que los usuarios del sistema HPC-USFQ destinen recursos económicos y humanos que contribuyan al crecimiento del equipo.
9. Los usuarios que contribuyan al crecimiento del HPC-USFQ en cuanto se refiere a almacenamiento y optimización de aplicaciones serán beneficiados con un incremento en el número de cálculos a enviarse con prioridad alta por mes.
10. En el caso particular de que un usuario financie la adquisición de uno o varios blades para incorporarse en el sistema HPC-USFQ, el usuario gestor de la adquisición tendrá derecho a usar casi de forma exclusiva el o los nodos incorporados. Esto quiere decir que se deberá poner a disposición de otros usuarios un porcentaje (del 10% al 20%) del tiempo total de cálculo mensual de el o los nodos incorporados. El porcentaje de tiempo de cálculo de el o los nodos incorporados que se destine a uso común será acordado por el usuario gestor de la adquisición y el administrador del sistema HPC-USFQ. Debe observarse que el incremento de uno o varios blades debe estar acompañado por un incremento en la capacidad de almacenamiento total del equipo.
11. El sistema HPC-USFQ es un equipo para cómputo de alto rendimiento y no un equipo de almacenamiento, por lo que su espacio en disco es limitado. Considerando esto, es obligación de cada usuario el eliminar los archivos que resulten de sus cálculos de forma regular para evitar el mal funcionamiento del equipo.
12. La instalación de cualquier programa, componente o librería dentro del sistema HPC-USFQ deberá ser aprobada por el decanato del politécnico, el administrador y el decanato al que pertenece el investigador interesado. Además es necesario considerar que cada usuario deberá colaborar con la instalación de el o los programas que requiera. Esto implica que deberá gestionar la adquisición de la licencia por parte de la USFQ (esto no aplica para programas de distribución libre) y asegurarse de solicitar la versión del programa que sea adecuada para la arquitectura y características del sistema HPC-USFQ.
13. Bajo ninguna circunstancia se autorizará la instalación de una versión pirata de cualquier programa comercial. Adicional a esto si un usuario desea instalar su propio programa deberá demostrar previamente que el mismo es de su autoría y no infringe las leyes de derecho de autor nacionales o internacionales.
14. Todas las actividades de investigación que se lleven a cabo en el sistema HPC-USFQ estarán regidas por lo dictaminado en “El Manual del Investigador” de la USFQ.
15. Todos los usuarios del sistema HPC-USFQ deberán firmar un documento de aceptación de las Políticas de Uso y Administración del Sistema de Cómputo de Alto Rendimiento (HPCUSFQ) como requisito para la creación de su cuenta personal de acceso al equipo.

Gaussian 09

CRYSTAL09

VASP 5.3.3

NAMD

LAMMPS

GROMACS