Biodiversity Genomics: From Genome Sequencing to Understanding Evolution and Adaptation
Este taller intensivo en inglés de tres días ofrece una introducción práctica e integrada a la genómica de la biodiversidad, abarcando desde el ensamblaje de genomas hasta el análisis de procesos evolutivos a distintas escalas. A través de datos reales y estudios de caso en plantas y otros organismos, los participantes aprenderán a construir filogenias, analizar variación genética poblacional e identificar señales de selección y adaptación.
El curso combina teoría con entrenamiento práctico en línea de comandos, programación básica y análisis en R, e incluye el uso de herramientas modernas para ensamblaje genómico, generación de SNPs, inferencia filogenética y análisis poblacional. Además, se enseñará a producir figuras listas para publicación y se compartirá todo el material y scripts por GitHub y Google Drive. El objetivo principal de este taller es fortalecer capacidades técnicas, fomentar colaboración científica y formar una comunidad de investigadores interesados en comprender los patrones y procesos que generan la biodiversidad mediante datos genómicos.
Inversión:
- Estudiantes – $110
- Estudiantes USFQ – $80
- Profesionales – $160
- Profesionales UFSQ – 130
Expositores
Chelsea Specht PhD
Chelsea Specht PhD es Directora de Desarrollo y Participación Docente en la School of Integrative Plant Science de la Universidad de Cornell. Su investigación se centra en la diversidad vegetal y en la evolución de la forma y función de las plantas, integrando enfoques morfológicos y de desarrollo con genética molecular, genómica comparativa y filogenética. Su laboratorio utiliza colecciones vivas y de museos para estudiar sistemática, biogeografía, genética de poblaciones, evolución del desarrollo y conservación. Su trabajo ha sido financiado por la National Science Foundation desde 2006, incluyendo un premio NSF CAREER, además de numerosas colaboraciones nacionales e internacionales. Dirige un grupo de investigación activo compuesto por estudiantes de doctorado e investigadores posdoctorales.
Jacob Landis
Jacob Landis obtuvo su doctorado en Biología en la Universidad de Florida y completó su primera estancia posdoctoral en la Universidad de California, Riverside, como becario del programa NSF Plant Genome. Se incorporó a la Universidad de Cornell en 2018, donde ha contribuido a una amplia variedad de proyectos de investigación en genómica centrados en la biodiversidad y la genómica evolutiva. Su experiencia abarca ensamblaje de genomas, filogenómica y genómica de poblaciones. Jacob también es Investigador Asociado en la School of Integrative Plant Science, en la Sección de Biología Vegetal, donde lidera investigaciones en varios géneros de angiospermas, incluyendo Calochortus, Glycine y Tigridia, entre otros.
Agenda preliminar
Day 1: Introduction and Macroevolution (evolution above the species level)
Major objectives:
- Master command line and basic programming
- Assemble genomic data
- Build a phylogeny using genomic data
Opening Presentation: The Power of Biodiversity Genomics
Workshop Session 1: Phylogenomics: evolution across space and time
Day 2: Microevolution : genome assemblies, population processes, and signatures of selection
Major objectives:
- Assemble a Genome
- Use Genome data to generate SNP files for downstream analyses
- Use SNP data to analyze population genetic patterns and processes
Workshop Session 2: Population Genomics: adaptation and diversification in real time
Day 3: Biodiversity Genomics: Real world examples (providing context now that they have seen the skills, some advanced analyses)
Major objectives:
- Apply skills to new questions
- Learn advanced analyses based on data generated during first two sessions
Workshop Session 3: Advanced Biodiversity Genomics
