Fecha
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2023-07-04 09:00:00
2023-07-06 11:00:00
Uso de Oxford Nanopore Technologies para Secuenciación de Genomas Completos
Durante esta capacitación, los participantes aprenderán a secuenciar utilizando la tecnología MinION de Oxford Nanopore Technologies. Habrá clases teóricas y sesiones prácticas. Los participantes tendrán la oportunidad de preparar una biblioteca, secuenciarla y analizar los resultados usando Galaxy. Una oportunidad increíble para aprender cómo secuenciar un genoma con esta tecnología!
Este curso será dictado por cuatro instructores, una representante de la empresa Oxford Nanopore Technologies, y tres investigadores del área de Biotecnología, Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales - USFQ que utilizan esta tecnología diariamente en sus proyectos.
Universidad San Francisco de Quito, Campus Cumbayá
USFQ
no-reply@usfq.edu.ec
America/Guayaquil
public
Lugar
Universidad San Francisco de Quito, Campus Cumbayá
Durante esta capacitación, los participantes aprenderán a secuenciar utilizando la tecnología MinION de Oxford Nanopore Technologies. Habrá clases teóricas y sesiones prácticas. Los participantes tendrán la oportunidad de preparar una biblioteca, secuenciarla y analizar los resultados usando Galaxy. Una oportunidad increíble para aprender cómo secuenciar un genoma con esta tecnología!
Este curso será dictado por cuatro instructores, una representante de la empresa Oxford Nanopore Technologies, y tres investigadores del área de Biotecnología, Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales - USFQ que utilizan esta tecnología diariamente en sus proyectos.
Agenda
| HORA | ACTIVIDAD | |
| Martes 4 julio | 9h00 - 10h00 | Registro |
| 10h00 - 11h15 | Bienvenida | |
| Introducción de Oxford Nanopore Technologies: tecnología, productos | ||
| 11h15 - 11h30 | Coffee Break | |
| 11h30 - 13h00 | Introducción de Oxford Nanopore Technologies: tecnología, productos (continuación) | |
| 13h00 - 14h30 | Almuerzo – por cuenta de cada participante | |
| 14h30 - 15h45 | Secuenciación con Oxford Nanopore Technologies: moléculas de partida (amplicones, ADN genómico, ARN, metilación) | |
| 15h45 - 16h00 | Coffee Break | |
| 16h00 - 17h00 | Teoría preparación librerías para secuenciar ADN genómico: diferentes kits para secuenciar ADN genómico | |
| Miércoles 5 julio | 9h00 - 11h15 | Parte práctica: Preparación de la librería de ADN genómico |
| 11h15 - 11h30 | Coffee Break | |
| 11h30 - 13h00 | Parte práctica: Preparación de la celda de flujo Parte práctica: Cargado de librería en la celda de flujo |
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| 13h00 - 14h30 | Almuerzo – por cuenta de cada participante | |
| 14h30 - 15h45 | Teoría: secuenciación en tiempo real. ¿Qué está pasando en el MinION? Información sobre software MinKNOW y llamado de bases. | |
| Teoría: Resultados que se obtendrá, archivos y tipos de formatos. Archivos que recibirán para análisis. Teoría: Análisis básicos a realizarse con resultados y programas (Porechop, Nanoplot, SMARTdenovo, Flye, Minimap2, Medaka, Quast, BUSCO) |
||
| 15h45 - 16h00 | Coffee Break | |
| 16h00-17h00 | Teoría: Análisis básicos a realizarse con resultados y programas (Porechop, Nanoplot, SMARTdenovo, Flye, Minimap2, Medaka, Quast, BUSCO) (continuación) | |
| Jueves 6 de julio | 9h00 - 11h15 | Ejercicio: Aprendiendo a usar Galaxy (tutorial) Pipeline bioinformática básica usando Galaxy |
| 11h15 - 11h30 | Coffee Break | |
| 11h30 - 13h00 | Pipeline bioinformática básica usando Galaxy (continuación) | |
| 13h00 - 14h30 | Almuerzo – por cuenta de cada participante | |
| 14h30 - 15h30 | Conclusiones y cierre | |
Instructores
Natalia Cortes
Nanopore Account Executive, Oxford Nanopore Technologies
Organiza
Contacto
Oficina
Edificio Darwin, DW-107