Instituto de Simulación Computacional ISC

Colegio de Ciencias e Ingenierías
Acerca de nosotros

La simulación computacional ha sido reconocida como una de las áreas de investigación con mayor potencial de desarrollo en países emergentes como el Ecuador. El Instituto de Simulación Computacional de la Universidad San Francisco de Quito (ISC-USFQ) busca ser la plataforma para promover el desarrollo de este campo en nuestro país, brindando un espacio amplio e incluyente al cual los docentes e investigadores, tanto de la USFQ como de las diferentes instituciones del país están invitados a participar.

Programas de Posgrado Relacionados
Intereses de investigación
  • Diseño computacional de nuevos materiales y desarrollo de nuevas tecnologías.
  • Estudio de factores que controlan el comportamiento de macromoléculas biológicas.
  • Simulación de la dispersión de ceniza volcánica en el Ecuador.
  • Desarrollo de métodos teóricos para la descripción de la estructura electrónica en átomos y moléculas.
  • Monitoreo de lluvia espacial y análisis de datos para la detección de radiación cósmica.
  • Uso de modelos numéricos para meteorología.
  • Simulación de transporte químico de contaminantes en el aire.
Equipo
Misión

El Instituto de Simulación Computacional ISC es una asociación que busca promover a nivel nacional la investigación científica, el desarrollo de proyectos multidisciplinarios y la generación de información en todas las áreas del conocimiento, sean éstas fundamentales o aplicadas, que se centran en el uso y desarrollo de métodos de simulación computacional y procesamiento numérico masivo.

Visión

El Instituto de Simulación Computacional busca ser una estructura que albergue a investigadores líderes del campo teórico y aplicado en las ramas afines a la simulación computacional de alto rendimiento, de tal manera que sea un referente a nivel nacional e internacional en lo que respecta a: el desarrollo de proyectos de investigación multidisciplinarios, la preparación de convenios interinstitucionales y la organización de talleres y cursos en el marco de consultorías y capacitaciones dirigidas a grupos de investigación y desarrollo pertenecientes a instituciones públicas o privadas.

 

Directorio

Directorio 2015-2020

F. Javier Torres, PhD.
Presidente
Email. jtorres@usfq.edu.ec

René Parra, PhD.
Vicepresidente
Email. rrparra@usfq.edu.ec

Cesar H. Zambrano, PhD.
Asesor Académico y de Investigación
Email. czambrano@usfq.edu.ec

Consejo de Investigación

Dennis Cazar, PhD.
Coordinador

Luis Rincón, PhD.
Miembro del consejo

Ing. Víctor Posligua
Miembro del Consejo

* El directorio y el consejo de investigación fueron elegidos mediante votación el 9 de agosto de 2015, según consta en el acta correspondiente de asamblea general.

Investigación

Los proyectos de investigación que se desarrollan actualmente en el ISC se enmarcan en las siguientes áreas:

  • Físico-química, química-física teórica.
  • Contaminación y remediación ambiental.
  • Energías alternativas.
  • Matemáticas aplicadas.
  • Nanotecnología.
  • Ciencias básicas.

Publicaciones

2019

  • Pozo-Guerron, P., Armijos-Capa, G., Rincon, L., Mora, J.R., Torres, F.J, Rodriguez, V. A valence bond study of the activation of methyl halides bonds by electric fields J. Theor. Comp. Chem. (1019) DOI 10.1142/S021963361950007X
  • Torres, F.J., Rincón, L., Zambrano, C., Mora, J.R., Méndez, M. A review on the information content of the pair density as a tool for the description of the electronic properties in molecular systems Int. J. Quantum Chem. (2019), 119, e25763
  • Mora, J.R., Rincón, L., Torres, F.J., Zambrano, C.H., Muñoz, C. Theoretical study of the furfuryl benzoate and furfuryl acetate pyrolysis J. Phys. Org. Chem. (2019), 32, e3790

2018

  • Rincón, L., Torres, F.J., Becerra, M., Liu, S., Fritsch, A., Almeida, R. On the separation of the information content of the Fermi and Coulomb holes and their influence on the electronic properties of molecular systems Mol. Phys. (2018), In press.
  • Terán J. E., Torres, F.J., Zambrano, C., Mora, J. R., Rincón, L. Theoretical investigation of the mechanism for the reductive dehalogenation of methyl halides mediated by the CoI-based compounds cobalamin and cobaloxime J Mol. Mod. (2018), 24, 316
  • Rincón L., Torres, F.J., Almeida, R. Is the Pauli exclusion principle the origin of electron localization? Mol. Phys. (2018) 116, 578
  • Parra, R., 2018. Numerical system for forecasting volcanic ash dispersion in Ecuador. IEEE ETCM 2018. Third Ecuador Technical Chapters Meeting. 1 – 5. 10.1109/ETCM.2018.8580331.
  • Parra, R., 2018. Performance Studies of Planetary Boundary Layer Schemes in WRF-Chem for the Andean Region of Southern Ecuador. Atmospheric Pollution Research, 9, 411 – 528. https://doi.org/10.1016/j.apr.2017.11.011.
  • Parra R., 2018. Influence of Boundary Layer Schemes in Modeling the Dispersion and Sedimentation of Volcanic Ash in Ecuador. WIT Transaction on Ecology and the Environment, ISSN 1743-3541 (on-line), Volume 230, doi:10.2495/AIR180081.
  • Hidalgo, S., Battaglia, J., Arellano, S., Sierra, D., Bernard, B., Parra, R., et al., 2018. Evolution of the 2015 Cotopaxi eruption revealed by combined geochemical and seismic observations. Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 19. https://doi.org/10.1029/ 2018GC007514.
  • Máryury Flores-Sumoza, Jackson J. Alcázar, Edgar Márquez, José R. Mora, Jesús Lezama and Esneyder Puello, Classical QSAR and Docking Simulation of 4-Pyridone Derivatives for Their Antimalarial Activity, molecules, 2018, 23, 3166.
  • José R. Mora, Edgar A Marquez, Luis Calle, Computational molecular modelling of N-cinnamoyl and hydroxycinnamoyl amides as potential α-glucosidase inhibitors, Medicinal Chemistry Research, 2018, 26, 2214-2223.
  • Maryury C. Flores, Edgar A. Marquez, José R. Mora, Molecular modeling studies of bromopyrrole alkaloids as potential antimalarial compounds: a DFT approach, Medicinal Chemistry Research, 2018, 27, 844-856.
  • José R. Mora, Cristian Cervantes, Edgar Marquez, New Insight into the Chloroacetanilide Herbicide Degradation Mechanism through a Nucleophilic Attack of Hydrogen Sulfide, Int. J. Mol. Sci., 2018, 19, 2864.
  • Montero-Oleas, A., Costa-Vera, C., Onofre, E. S., & Mendez, M. A., Protein detection in blood via a chimeric aptafluorescence assay: toward point-of-care diagnostic devices. Journal of Biomedical Optics, 23(09), 1.

2017

  • Aguilera-Pesantes, D., Robayo, L.E., Méndez, P., Mollocana, D., Marrero-Ponce, Y., Torres, F.J. Discovering key residues of dengue virus NS2b-NS3-protease: New binding sites for antiviral inhibitors design Biochem. Biophys. Res. Commun. (2017). 492, 631
  • Cortés-Arriagada, D., Toro-Labbe, A., Mora, J.R., Rincón, L., Mereau, R., Torres, F.J. Theoretical analysis of C–F bond cleavage mediated by cob[I]alamin-based structures J. Mol. Model. (2017), 23, 264.
  • Torres F. J., Ludeña E.V., Carrillo Y., Rincón L., Iza P., Zambrano D. Stability of finite subspaces in density functional theory: Application to simple atoms Int. J. Quantum Chem. (2017), 117, e25400
  • Mora J.R., Nuñez O., Rincón L., Torres F.J. Understanding the role of Zn2+ in the hydrolysis of glycylserine: a mechanistic study by using density functional theory Mol. Phys. (2017), 115, 403
  • Dávila, K.L., Contreras, R.R., Fontal, B., Torres, F.J., Rincón, L. An Alternative description of aromaticity in metallabenzenes J. Mex. Chem. Soc. (2017), 61, 97
  • Parra, R., 2017. Assessment of Planetary Boundary Layer Schemes of the WRF-Chem Model in the Simulation of Carbon Monoxide Dispersion in the Urban Area of Quito, Ecuador. WIT Transaction on Ecology and the Environment, ISSN: 1746-448X (online), Volume 211, DOI:10.2495/AIR170041DOI.
  • Bruno S. Souza, Jose R. Mora, Eduardo H. Wanderlind, Rosilene M. Clementin, Jose C. Gesser, Haidi D. Fiedler, Faruk Nome, and Fredric M. Menger, Transforming a Stable Amide into a Highly Reactive One: Capturing the Essence of Enzymatic Catalysis, Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56(19), 5345-5348.
  • Gonzalez, C., Squitieri, E., Framco, H., Rincon, L. Stationary Conditions of the Electron Density Along the Reaction Path: Connection with Conceptual DFT and Information Theory, J. Phys. Chem. 2017, 121, 648.
  • Seijas, L., Lunar, A., Rincon, L., Lunar, A. On the electron localization in HF cyclic clusters, Journal of Computational Methods in Sciences and Engineering 2017, 15, 5.
  • Aguilera-Pesantes, D., & Méndez, M. A Structure and sequence based functional annotation of Zika virus NS2b protein: Computational insights. Biochemical and Biophysical Research Communications, 492(4), 659–667.

2016

  • Urbina A.S., Zambrano C.H., Torres F.J., Rincón L.,  Insights on the aromaticity of imidazolylidene carbenes by means of DFT calculations Comp. Theor. Chem. (2016), 1094, 108
  • Rincón L., Mora J.R., Torres F.J., Almeida R.  On the activation of σ-bonds by electric fields: A Valence Bond perspective Chem. Phys. (2016), 477, 1
  • Urbina A.S., Torres F.J., Rincón L.,  The electron localization as the information content of the conditional pair density J. Chem. Phys. (2016), 144, 244104
  • Martínez-Santiago O., Marrero-Ponce Y., Barigye S.J., Thi Thu H.L., Torres F.J., Zambrano C.H, Muñiz Olite J.L, Cruz-Monteagudo M., Vivas-Reyes R., Vázquez L., Artiles L.M.  Physico-Chemical and Structural Interpretation of Discrete Derivative Indices on N-Tuples Atoms Int. J Mol. Sci. (2016), 17, 812
  • Guzzardi L., Cazar, D.F., del Hierro, C. V., Torres, F.J., Mendez, M.A.   Mean residence time by heirarchical clsutering analysis  Theo. Chem. Acc. (2016), 135, 1
  • Becerra M., Real M., Espinosa-Gavilanes, C., Zambrano, C.H., Torres, F.J., Rincón, L.    On the thermodynamic stability of the intermolecular association between Lewis acids and Lewis bases: A DFT study  Theo. Chem. Acc. (2016), 135, 77
  • Parra R., Bernard B. Narváez, D., Le Pennec J.L., Hasselle N., Folch A., 2016. Eruption Source Parameters for forecasting ash dispersion and deposition from vulcanian eruptions at Tungurahua volcano: Insights from field data from the July 2013 eruption. Journal of Volcanology and Geothermal Research, 309, 1 – 13. DOI: 0.1016/j.jvolgeores.2015.11.001.

2015

  • Posligua V., Urbina A., Rincón L., Soetens J-C., Méndez M. A., Zambrano C. H., Torres F. J.  Theoretical Evaluation of Metal-functionalized rccc R-Pyrogallol [4] arenes as Media for Molecular Hydrogen Storage Comp. Theor. Chem. (2015), 1073, 75-83.
  • Rincón L., Almeida R., Contreras P.L, Torres F. J.  The information content of the conditional pair probability Chem. Phys. Lett. (2015), 635, 116-119

2014

  • Manzano S., Zambrano C. H., Méndez M.A., Dueno E. E., Cazar R., Torres F. J.  A theoretical study of the conformational preference of alkyl- and aryl-substituted Pyrogallol[4]arenes and evidence of the accumulation of negative electrostatic potential within the cavity of their rccc conformers Mol. Simulat. (2014), 40, 327-334
  • Parra R. 2014. Modeling the volcanic ash dispersion and deposition from El Reventador volcano eruption in Ecuador on November 3rd 2002. WIT Transaction on Ecology and the Environment, ISSN: 1743-3541, Volume 183, DOI: 10.2495/AIR140031.

2013

  • Rodríguez C.G., Urbina A.S., Torres F. J., Cazar D. Ludeña E.V.  Non-Born-Oppenheimer nuclear and electronic densities for a three-particle Hooke-Coulumb Comp. Theor. Chem. (2013), 1018, 26-34.

Eventos

Current Trends in Theoretical Chemistry 2019, USFQ, Quito, Ecuador

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