Fechas
Durante esta capacitación, los participantes aprenderán a secuenciar genomas completos utilizando la tecnología MinION de Oxford Nanopore Technologies. Habrá clases teóricas y sesiones prácticas. Los participantes tendrán la oportunidad de preparar una biblioteca, secuenciarla y analizar los resultados usando Galaxy. ¡Una oportunidad increíble para aprender cómo secuenciar un genoma con esta tecnología!
Este curso será dictado por cuatro instructores: una representante de la empresa Oxford Nanopore Technologies, y tres profesores e investigadores del área de Biotecnología, Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales - USFQ que utilizan esta tecnología diariamente en sus proyectos.
Cupos limitados.
Enviar el comprobante de pago a Martina Albuja (malbujaq@usfq.edu.ec)
De 9H00 - 17H00
Profesionales: $200
Profesionales USFQ: $180
Estudiantes: $140
Estudiantes USFQ: $120
Agenda
| Hora | Actividad | |
|---|---|---|
| Martes 28 mayo | 9h00 - 10h00 | Registro |
| 10h00 - 11h15 | Bienvenida | |
| Introducción de Oxford Nanopore Technologies: tecnología, productos | ||
| 11h15 - 11h30 | Coffee Break | |
| 11h30 - 13h00 | Introducción de Oxford Nanopore Technologies: tecnología, productos (continuación) | |
| 13h00 - 14h30 | Almuerzo – por cuenta de cada participante | |
| 14h30 - 15h45 | Secuenciación con Oxford Nanopore Technologies: moléculas de partida (amplicones, ADN genómico, ARN, metilación) | |
| 15h45 - 16h00 | Coffee Break | |
| 16h00-17h00 | Teoría preparación librerías para secuenciar ADN genómico: diferentes kits para secuenciar ADN genómico |
| Hora | Actividad | |
|---|---|---|
| Miércoles 29 mayo | 9h00 - 11h15 | Parte práctica: Preparación de la librería de ADN genómico |
| 11h15 - 11h30 | Coffee Break | |
| 11h30 - 13h00 | Parte práctica: Preparación de la celda de flujo Parte práctica: Cargado de librería en la celda de flujo |
|
| 13h00 - 14h30 | Almuerzo – por cuenta de cada participante | |
| 14h30 - 15h45 | Teoría: secuenciación en tiempo real. ¿Qué está pasando en el MinION? Información sobre software MinKNOW y llamado de bases. Teoría: Resultados que se obtendrá, archivos y tipos de formatos. Archivos que recibirán para análisis. Teoría: Análisis básicos a realizarse con resultados y programas (Porechop, Nanoplot, SMARTdenovo, Flye, Minimap2, Medaka, Quast, BUSCO) |
|
| 15h45 - 16h00 | Coffee Break | |
| 16h00-17h00 | Teoría: Análisis básicos a realizarse con resultados y programas (Porechop, Nanoplot, SMARTdenovo, Flye, Minimap2, Medaka, Quast, BUSCO) (continuación) |
| Hora | Actividad | |
|---|---|---|
| Jueves 30 mayo | 9h00 - 11h15 | Ejercicio: Aprendiendo a usar Galaxy (tutorial) Pipeline bioinformática básica usando Galaxy |
| 11h15 - 11h30 | Coffee Break | |
| 11h30 - 13h00 | Pipeline bioinformática básica usando Galaxy (continuación) | |
| 13h00 - 14h30 | Almuerzo – por cuenta de cada participante | |
| 14h30 - 15h30 | Conclusiones y cierre |
Instructores
Esmeralda Garcia
Especialista de Ventas Internas, Oxford Nanopore Technologies
Especialista de ventas internas con un enfoque en latino América entendiendo las necesidades del cliente y identificando una solución con Nanopore. Experiencia en buscar y convertir clientes potenciales a clientes satisfechos.
Gabriela Pozo
Profesora e Investigadora USFQ
Gabriela Pozo obtuvo su Maestría en Biotecnología y Genómica en Rutgers University (Estados Unidos), como becaria Fulbright. Se desempeña como profesora del Área de Biotecnología del Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales de la Universidad San Francisco de Quito (Ecuador). Es investigadora del Laboratorio de Biotecnología Vegetal. Sus investigaciones se centran en aspectos como diversidad genética y estructura poblacional de especies animales y vegetales, metagenómica y genómica. Ha contribuido como coautora en publicaciones científicas relacionadas con sus intereses de investigación. Es parte de la iniciativa “ORG.one”, que tiene como objetivo principal secuenciar genomas completos de especies en peligro crítico de extinción. Su enfoque dentro de este proyecto se centra en el estudio de los primates.
Juan José Guadalupe
Profesor e Investigador USFQ
Juan José Guadalupe López es Ingeniero en Procesos Biotecnológicos graduado de la Universidad San Francisco de Quito (USFQ), Ecuador. Posee una Maestría en Ciencias Moleculares de la Vida Molecular obtenida en Stockholm University, Suecia. Es profesor en el Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales de la USFQ e investigador en el Laboratorio de Biotecnología Vegetal. Sus campos de investigación incluyen estudios en diversidad genética de animales y plantas, expresión génica relacionada al estrés en animales, metagenómica aplicada para biorremediación y en evaluación de la composición de comunidades en fuentes de agua dulce y salobre.
Milton Gordillo
Profesor e Investigador USFQ
Milton Gordillo es Ingeniero en Procesos Biotecnológicos por la Universidad San Francisco de Quito (USFQ, Ecuador). Cuenta con una Maestría en Biología Sintética y Biotecnología por The University of Edinburgh (Reino Unido). Actualmente, se desempeña como profesor e investigador en el Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales de la USFQ. En el ámbito docente, imparte clases de Biotecnología de Plantas, Genética y Bioinformática, e Ingeniría Genética. Como investigador, forma parte del Laboratorio de Biotecnología Vegetal y trabaja en proyectos enfocados al mejoramiento genético de cultivos andinos (chocho y quinoa), el secuenciamiento de genomas vegetales y el estudio de mecanismos de tolerancia a estrés abiótico en plantas. Además, ha formado parte de grupos de investigación en Wageningen University & Research (Países Bajos) y La Sapienza Università di Roma (Italia).
Organiza
