Instituto de Microbiología | Universidad San Francisco de Quito

Instituto de Microbiología

Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales
Acerca de nosotros

El Instituto de Microbiología promueve la colaboración interdisciplinaria para el desarrollo de investigaciones en el área de Microbiología.

La Microbiología es un campo de la ciencia con innumerables aplicaciones tales como: salud, ambiente, alimentos, agricultura, biotecnología, etc. Por este motivo, el Instituto de Microbiología promueve la colaboración entre profesores que pertenecen a distintos colegios de la USFQ y que tengan intereses relacionados a este campo. El Instituto brinda oportunidades a los profesores de dirigir tesis de posgrado (a nivel maestría y doctorado) dentro de las diversas aplicaciones de la Microbiología.

Programas de Posgrado Relacionados
Intereses de investigación

El Instituto de Microbiología tiene intereses de investigación en distintos campos: Medicina, Veterinaria, Agricultura, Industria Alimenticia, Industria Farmacéutica, Bioremediación, Biocombustibles, Industria, Silvicultura, Pesca, entre otros.

Equipo
Misión

Formar profesionales capacitados para enfrentar los retos de la Microbiología moderna y promover la investigación científica en el Ecuador.

Visión

Crear un centro de investigaciones de reconocimiento internacional que promueva la investigación en el área de Microbiología con una visión multidisciplinaria.

Investigadores

Investigadores Asociados USFQ

Stella de la Torre Decana, Colegio de Ciencias Biológicas y Ambientales, COCIBA.
Lourdes Torres Vicedecana, Coordinadora Biotecnología, Laboratorio de Biotecnología Vegetal. COCIBA.
Andrés Caicedo Profesor-Investigador BioMed/Director Laboratorio de Investigación - Escuela de Medicina, Colegio de Ciencias de la Salud, COCSA
Andrea Encalada Directora del Laboratorio de Ecología Acuática, COCIBA
Valeria Ochoa-Herrera Directora de Ing. Ambiental, Colegio de Ciencias e Ingenierías, Politécnico.
Enrique Terán Director, Hospital Simulación Médica, Colegio de Ciencias de la Salud, COCSA.
Carlos Valle Director Asociado para la investigación de Ecología y Biología Evolutiva del Galápagos Science Center, COCIBA.
Luis Alberto Pedroza Profesor de Inmunología, Colegio de Ciencias de la Salud, COCSA.
Ana Cristina Aguilar Profesora de Embriología e Infecciosas, Colegio de Ciencias de la Salud, COCSA.
Antonio León Biotecnología Agrícola y de Alimentos, Colegio de Ciencias e Ingenierías, Politécnico.
Renato León Profesor de Entomología Médica / Director Laboratorio de Entomología Médica y Medicina Tropical, COCIBA.
Pablo Endara Profesor de Epidemiología, Colegio de Ciencias de la Salud, COCSA.
Pieter Van’t Hof Profesor Tiempo Completo e Investigador, COCIBA.

Investigadores asociados Externos

Gabriela Vasco Universidad Central del Ecuador
Jaysoom Abarca Hospital Eugenio Espejo
Gustavo Calle Hinojosa Hospital José Carrasco Arteaga
Thalía Ortega Solca Quito
Denis Augot ANSES, Francia
Emmanuel Breard ANSES, Maison Alfort, Francia
Montserrat Gállego Universidad de Barcelona, España
Gustavo Spinelli Universidad Nacional de la Plata, Argentina
Karen Levy Rolling School of Public Health, Emory University
Jay Graham Public Health Institute
Joe Eisenberg School of Public Health, University of Michigan
Lixin Zhang CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology & Immunology, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences (IMCAS)
Nuno Filipe Azevedo Departamento de Ingeniería Química, Universidad de Porto, Portugal
Laura Isabel Macieira Cerqueira Departamento de Ingeniería Química, Universidad de Porto, Portugal
Carina Almeida Departamento de Ingeniería Biológica, Universidad del Minho, Portugal
Empresa spin-off BIOMODE Determination S.A.
Fernando González Universidad de Valencia, FISABIO
Christopher Logue PHE (PUBLIC NATIONAL HEALTH)
Verónica Paz Hospital Delfina Torres de Concha
Josefina Coloma Universidad de Berkley
Jérôme Depaquit Université de Reims,
Carlos Peña Garay Universidad de Valencia, Isys2bio
Tatiana Mosquera Universidad Politécnica Salesiana
Viviana Albán INSPI Quito
Silvia Espín Distrito Metropolitano de Quito
Talima Pearson Northern Arizona University
María Eugenia Silva Universidad Central del Ecuador
Linda Guamán Universidad UTE
Patricia Zambrano ESPAM
César Bedoya INSPI

Áreas de Investigación

Área Coordinador
Microbiología Clínica Cristina Chávez
Microbiología de Alimentos y Aguas Lorena Mejía
Parasitología Sonia Zapata
Bacteriología Gabriel Trueba y Antonio Machado
Genómica Bacteriana Verónica Barragán
Entomología Médica Renato León
Microbiología Ambiental y Vegetal Valeria Ochoa-Herrera y María de Lourdes Torres
Virología Christopher Logue

Publicaciones

→ 2018

  • High Prevalence of Extended-Spectrum Beta-Lactamase CTX-M–Producing Escherichia coli in Small-Scale Poultry Farming in Rural Ecuador
    Hayden D. Hedman, Joseph N. S. Eisenberg, Karla A. Vasco, Christopher N. Blair, Gabriel Trueba, Veronica J. Berrocal and Lixin Zhang
    Publisher: The American Society of Tropical Medicine and Hygiene
    Source: The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene
    Available online: 19 November 2018
    Document Type: Research Article
    DOI: https://doi.org/10.4269/ajtmh.18-0173
  • Locals Get Travelers’ Diarrhea Too: Risk factors for diarrheal illness and pathogenic E. coli infection across an urban‐rural gradient in Ecuador
    Shanon M. Smith, Lorena Montero, Maritza Paez, Estefania Ortega, Eric Hall, Kate Bohnert, Xavier Sanchez, Edison Puebla, Pablo Endara, William Cevallos, Gabriel Trueba, Karen Levy
    First published: 16 November 2018
    https://doi.org/10.1111/tmi.13183
    This article has been accepted for publication and undergone full peer review but has not been through the copyediting, typesetting, pagination and proofreading process, which may lead to differences between this version and the Version of Record. Please cite this article as doi: 10.1111/tmi.13183
  • Antibiotic Resistome Associated with Smallscale Poultry Production in Rural Ecuador.
    Xueping Guo, Robert D. Stedtfeld, Hayden Hedman, Joseph N.S.Eisenberg,Gabriel Trueba, Daqiang Yin, James M. Tiedje, and Lixin Zhang.
    Environ. Sci. Technol., Just Accepted Manuscript. DOI: 10.1021/acs.est.8b01667. Publication Date (Web): 26 Jun 2018.
    Downloaded from http://pubs.acs.org on June 27, 2018
  • The geospatial relationship of pterygium and senile cataract to ambient solar ultraviolet in tropical Ecuador. 2018
    Daniel R. Garzon-Chavez, Emmanuelle Quentin, Simone Lee Harrison, Alfio Parisi, Harry J. Butler and Nathan Downs
    http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2018/pp/c8pp00023a#!divAbstract
  • Potential Zoonotic Transmission of Giardia duodenalis in Semi-rural Communities Near Quito, Ecuador. 2018
    Marysol Sarzosa1, Jay P. Graham2, Liseth Salinas1, Gabriel Trueba1
    http://www.jarvm.com/articles/Vol16Iss1/Vol16%20Iss1%20Trueba.pdf
  • Bacterial identification of the vaginal microbiota in Ecuadorian pregnant teenagers: an exploratory analysis. 2018
    Ana María Salinas1, Verónica Gabriela Osorio1, Pablo Francisco Endara1,2, Eduardo Ramiro Salazar3, Gabriela Piedad Vasco1,3, Sandra Guadalupe Vivero3, Antonio Machado
    https://peerj.com/articles/4317/
  • Isolation of Oropouche Virus from Febrile Patient, Ecuador. 2018
    Emma L. Wise, Steven T. Pullan, Sully Márquez, Verónica Paz, Juan D. Mosquera, Sonia Zapata, Simon K. Jackson, Gyorgy Fejer, Gabriel Trueba, and Christopher H. Logue
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/24/5/17-1569_article
  • Changes in dominant Escherichia coli and antimicrobial resistance after 24 hr in fecal matter. 2018
    Sofía Barrera, Paul Cardenas, Jay P. Graham, Gabriel Trueba.
    https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/mbo3.643

→ 2017

  • Multiplex Peptide Nucleic Acid Fluorescence In Situ Hybridization (PNA-FISH) for Diagnosis of Bacterial Vaginosis. 2017
    Machado A1, Cerca N1
    https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-7037-7_13
  • Small-Scale Food Animal Production and Antimicrobial Resistance: Mountain, Molehill, or Something in-between? 2017
    Jay P. Graham1 Joseph N.S. Eisenberg,2 Gabriel Trueba,3 Lixin Zhang,4,5 and Timothy J. Johnson6
    https://ehp.niehs.nih.gov/ehp2116/
  • Molecular phylogeny of 42 species of Culicoides (Diptera, Ceratopogonidae) from three continents. 2017
    Denis Augot, Bruno Mathieu, Leila Hadj-Henni, Véronique Barriel, Sonia Zapata Mena, Sylvia Smolis, Darine Slama, Fano José Randrianambinintsoa, Gabriel Trueba, Matthieu Kaltenbach, Nil Rahola, and Jérôme Depaquit
    https://www.researchgate.net/publication/317835697_Molecular_phylogeny_of_42_species_of_Culicoides_Diptera_Ceratopogonidae_from_three_continents

→ 2016

  • First Complete Genome Sequences of Zika Virus Isolated from Febrile Patient Sera in Ecuador. 2016
    S. Márquez, a J. Carrera, a S. T. Pullan,b K. Lewandowski,K V. Paz,c N. Loman,d J. Quick,d D. Bonsall,e R. Powell,f J. Thézé,g O. G. Pybus,g P. Klenerman, e J. Eisenberg,h J. Coloma,i M. W. Carroll,b G. Trueba,a C. H. Loguea,b
    http://evolve.zoo.ox.ac.uk/Evolve/Oliver_Pybus_files/GenomeSequencesOfZIKVfromEcuador.pdf
  • Bacteria associated with human saliva are major microbial components of Ecuadorian indigenous beers (chicha). 2016
    Ana L. Freire, Sonia Zapata, Juan Mosquera, Maria Lorena Mejia and Gabriel Trueba
    https://www.researchgate.net/publication/301688138_Bacteria_associated_with_human_saliva_are_major_microbial_components_of_Ecuadorian_indigenous_beers_chicha
  • Antibiotic Resistance in Animal and Environmental Samples Associated with Small-Scale Poultry Farming in Northwestern Ecuador. 2016
    Nikolay P. Braykov,a Joseph N. S. Eisenberg,b Marissa Grossman,a Lixin Zhang,c,d Karla Vasco,e William Cevallos,e,f Diana Muñoz,e Andrés Acevedo,e Kara A. Moser,b Carl F. Marrs,b Betsy Foxman,b James Trostle,g Gabriel Trueba,e Karen Levy
    http://msphere.asm.org/content/msph/1/1/e00021-15.full.pdf
  • Detection of Zoonotic Enteropathogens in Children and Domestic Animals in a Semirural Community in Ecuador. 2016
    Karla Vascoa, Jay P. Grahamb and Gabriel Truebaa
    http://aem.asm.org/content/82/14/4218.abstract
  • Draft genome sequence of the first pathogenic Leptospira isolates from Ecuador. 2016
    Veronica Barragan, Jason W. Sahl, Kristin Wiggins, Jorge Chiriboga, Ana Salinas, Nancy E. Cantos, Mariana N. Loor, Bertha I. Intriago, Melba Morales, Gabriel Trueba, Talima Pearson
    https://nau.pure.elsevier.com/en/publications/draft-genome-sequence-of-the-first-pathogenic-leptospira-isolates

→ 2015

  • Diagnosis of bacterial vaginosis by a new multiplex peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization method. 2015
    Machado A1, Castro J1, Cereija T1, Almeida C1, Cerca N1.
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25737820
  • Effects of Selection Pressure and Genetic Association on the Relationship between Antibiotic Resistance and Virulence in Escherichia coli. 2015
    Lixin Zhanga*, Karen Levyb, Gabriel Truebac, William Cevallosd, James Trostlee, Betsy Foxmana, Carl F. Marrsa and Joseph N. S. Eisenberga
    http://aac.asm.org/content/59/11/6733.full

→ Años anteriores

  • Poulsen, K. P. et al. Brucellosis in Dairy Cattle and Goats in Northern Ecuador. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 90, 712–715 (2014).
    Guamán, L., Zapata, S., Serrano, M. & Trueba P., G. A. Caracterización de las bacterias ácido lácticas aisladas de alimentos fermentados radicionales del Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 6, (2014).
  • Bhavnani, D., Goldstick, J. E., Cevallos, W., Trueba, G. & Eisenberg, J. N. S. Impact of Rainfall on Diarrheal Disease Risk Associated with Unimproved Water and Sanitation. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 90, 705–711 (2014).
  • Monar, M., Dávalos, I., Zapata, S., Caviedes, M. & Ramírez-Cárdenas, L. Caracterización química y microbiológica del kéfir de agua artesanal de origen ecuatoriano. Avances en Ciencias e Ingeniería 6, (2014).
  • Gabriel Trueba. Why does Evolution Matter? The Importance of Understanding Evolution. (2014). doi:10.13140/2.1.5040.0323
  • Zurita, J. et al. Healthcare-associated respiratory tract infection and colonization in an intensive care unit caused by Burkholderia cepacia isolated in mouthwash. International Journal of Infectious Diseases 29, 96–99 (2014).
  • Vasco, G. et al. Identifying Etiological Agents Causing Diarrhea in Low Income Ecuadorian Communities. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 91, 563–569 (2014).
  • Levy, K. et al. Household effectiveness vs. laboratory efficacy of point-of-use chlorination. Water Research 54, 69–77 (2014).
  • Ayala, S. et al. Detection and Characterization of Infectious Laryngotracheitis Virus from an Outbreak of Respiratory Disease in Ecuador. Intern J Appl Res Vet Med 12, 245–248 (2014).
  • Trueba, G. in Confronting Emerging Zoonoses (eds. Yamada, A. et al.) 3–11 (Springer Japan, 2014).
  • Cardenas, P. A. et al. Staphylococcus aureus outbreak in the intensive care unit of the largest public hospital in Quito, Ecuador. Int. Microbiol. 16, 81–86 (2013).
  • Trueba, G. et al. Escherichia coli O157:H7 in Ecuador: Animal Reservoirs, Yet No Human Disease. Vector-Borne and Zoonotic Diseases 13, 295–298 (2013).
  • Beati, L. et al. Amblyomma cajennense (Fabricius, 1787) (Acari: Ixodidae), the Cayenne tick: phylogeography and evidence for allopatric speciation. BMC Evolutionary Biology 13, 267 (2013).
  • Rojas, M. I. et al. Deteccion de Coxiella burnetii en leche de bovinos domesticos del Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, (2013).
  • Zabala, C., Barragán, V. & Trueba P., G. A. Erratum: Presencia de Brucella sp. en cabras de la ciudad de Quito, provincia de Pichincha, Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B9–B11 (2013).
  • Abril, A., Vasco, L., Espinel, M., Coloma, J. & Trueba, G. Difficulties in the differential diagnosis of dengue and leptospirosis in Guayaquil. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B10–B13 (2013).
  • Zabala, C., Barragán, V. & Trueba P., G. A. Erratum: Presencia de Brucella sp. en cabras de la ciudad de Quito, provincia de Pichincha, Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B9–B11 (2013).
  • Bermeo, E., Barragan, V., Torres, A., Acosta, A. & Trueba, G. First report of Porcine Circovirus 2 (PCV2) circulation in Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 5, B2–B4 (2013).
  • Cifuentes, S. G. et al. Transition in the Cause of Fever from Malaria to Dengue, Northwestern Ecuador, 1990–2011. Emerging Infectious Diseases 19, 1642–1645 (2013).
  • Evolution from the Galapagos. 2, (Springer New York, 2013).
  • Escobar, J. C. et al. Plesiomonas shigelloides Infection, Ecuador, 2004–2008. Emerging Infectious Diseases 18, 322–324 (2012).
  • Zapata, S. et al. A study of a population of Nyssomyia trapidoi (Diptera: Psychodidae) caught on the Pacific coast of Ecuador. Parasites & Vectors 5, 144 (2012).
  • Bhavnani, D. et al. Bhavnani et al. Respond to ‘Assessing Mechanistic Interaction’. American Journal of Epidemiology 176, 400–401 (2012).
  • Bhavnani, D., Goldstick, J. E., Cevallos, W., Trueba, G. & Eisenberg, J. N. S. Synergistic Effects Between Rotavirus and Coinfecting Pathogens on Diarrheal Disease: Evidence from a Community-based Study in Northwestern Ecuador. American Journal of Epidemiology 176, 387–395 (2012).
  • Eisenberg, J. N. S. et al. In-roads to the spread of antibiotic resistance: regional patterns of microbial transmission in northern coastal Ecuador. Journal of The Royal Society Interface 9, 1029–1039 (2012).
  • Trueba, G. & Dunthorn, M. Many Neglected Tropical Diseases May Have Originated in the Paleolithic or Before: New Insights from Genetics. PLoS Neglected Tropical Diseases 6, e1393 (2012).
  • Zapata, S. et al. Morphometric and molecular characterization of the series Guyanensis (Diptera, Psychodidae, Psychodopygus) from the Ecuadorian Amazon Basin with description of a new species. Infection, Genetics and Evolution 12, 966–977 (2012).
  • Zabala, C., Barragán, V. & Trueba P., G. A. Presencia de Brucella sp. en cabras de la ciudad de Quito, provincia de Pichincha, Ecuador. Avances en Ciencias e Ingeniería 4, (2012).
  • Commins, S. P. et al. The relevance of tick bites to the production of IgE antibodies to the mammalian oligosaccharide galactose-α-1,3-galactose. Journal of Allergy and Clinical Immunology 127, 1286–1293.e6 (2011).
  • Barragan, V. A. et al. Interactions of Leptospira with Environmental Bacteria from Surface Water. Current Microbiology 62, 1802–1806 (2011).
  • Romoser, W., Leon & Patrican. Meconial peritrophic matrix and meconial degradation in the biting midge, Culicoides variipennis (Coquillett) (Diptera: Ceratopogonidae). Open Access Insect Physiology 1 (2011). doi:10.2147/OAIP.S13726
  • Souza da Cunha, S. et al. Asthma cases in childhood attributed to atopy in tropical area in Brazil. Rev. Panam. Salud Publica 28, 405–411 (2010).
  • Zapata, S. et al. Characterization of a lipopolysaccharide mutant of Leptospira derived by growth in the presence of an anti-lipopolysaccharide monoclonal antibody. FEMS Microbiology Letters no–no (2010). doi:10.1111/j.1574-6968.2010.02029.
  • Figueiredo, C. A. et al. Chronic intestinal helminth infections are associated with immune hyporesponsiveness and induction of a regulatory network. Infect. Immun. 78, 3160–3167 (2010).
  • Baquero, M. I., López, N., Mejía, M. E. & Trueba, G. Evaluation of a Polymerase Chain Reaction for the Diagnosis of Leptospirosis in Cattle. TOVSJ 4, 31–35 (2010).
  • Valencia C., P. A., Barragán, V. & Trueba P., G. A. Evidencia de transferencia horizontal de genes de resistencia a antibióticos provenientes de bacterias ambientales. Avances en Ciencias e Ingeniería 2, (2010).
  • Moncayo, A. L. et al. Risk factors for atopic and non-atopic asthma in a rural area of Ecuador. Thorax 65, 409–416 (2010).
  • Jones, L. A. et al. New Records of Phlebotomine Sand Flies (Diptera: Psychodidae) from Ecuador. Proceedings of the Entomological Society of Washington 112, 47–53 (2010).
  • Solberg, O. D., Hasing, M. E., Trueba, G. & Eisenberg, J. N. S. Characterization of novel VP7, VP4, and VP6 genotypes of a previously untypeable group A rotavirus. Virology 385, 58–67 (2009).
  • Flohr, C. et al. How well do questionnaires perform compared with physical examination in detecting flexural eczema? Findings from the International Study of Asthma and Allergies in Childhood (ISAAC) Phase Two. Br. J. Dermatol. 161, 846–853 (2009).
  • Guadalupe, I. et al. Evidence for in utero sensitization to Ascaris lumbricoides in newborns of mothers with ascariasis. J. Infect. Dis. 199, 1846–1850 (2009).
  • Cooper, P. J. Interactions between helminth parasites and allergy: Current Opinion in Allergy and Clinical Immunology 9, 29–37 (2009).
  • Cooper, P. J. Mucosal immunology of geohelminth infections in humans. Mucosal Immunology 2, 288–299 (2009).
  • León, R., Terán, R., Neira, M. & Le Pont, F. Phlébotomes d’Equateur: deux nouvelles espèces du genre Evandromyia (Diptera, Psychodidae). Bulletin de la Société entomologique de France 114, 143–148 (2009).
  • León, R., Mollinedo, J. S. & Le Pont, F. Phlébotomes d’Equateur et de Bolivie: descriptions de Psathyromyia castilloi n. sp. et Psychodopygus luisleoni n. sp. (Diptera, Psychodidae). Bulletin de la Société entomologique de France 114, 83–89 (2009).
  • León, R., Neira, M. & Le Pont, F. Phlébotomes d’Equateur: Psychodopygus yasuniensis n. sp. (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae). Bulletin de la Société entomologique de France 114, 167–170 (2009).
  • Hasing, M. E. et al. Rapid changes in rotaviral genotypes in Ecuador. Journal of Medical Virology 81, 2109–2113 (2009).
  • Rodrigues, L. C. et al. Early infection with Trichuris trichiura and allergen skin test reactivity in later childhood. Clin. Exp. Allergy 38, 1769–1777 (2008).
  • Cooper, P. J. et al. Environmental determinants of total IgE among school children living in the rural Tropics: importance of geohelminth infections and effect of anthelmintic treatment. BMC Immunol. 9, 33 (2008).
  • Cooper, P. J. et al. Ascaris lumbricoides-induced interleukin-10 is not associated with atopy in schoolchildren in a rural area of the tropics. J. Infect. Dis. 197, 1333–1340 (2008).
  • Santos, C. et al. Estimating adjusted prevalence ratio in clustered cross-sectional epidemiological data. BMC Medical Research Methodology 8, 80 (2008).
  • Douce, R. W., Zurita, J., Sanchez, O. & Cardenas Aldaz, P. Investigation of an Outbreak of Central Venous Catheter–Associated Bloodstream Infection Due to Contaminated Water. Infection Control and Hospital Epidemiology 29, 364–366 (2008).
  • Barragán, V. A., Aveiga, I. & Trueba, G. Mircobial community composition in petroleum-contaminated and uncontaminated soil from Francisco de Orellana, in the northern Ecuadorian Amazon. Int. Microbiol. 11, 121–126 (2008).
  • Cooper, P. J. et al. Repeated treatments with albendazole enhance Th2 responses to Ascaris Lumbricoides, but not to aeroallergens, in children from rural communities in the Tropics. J. Infect. Dis. 198, 1237–1242 (2008).
  • Moncayo, A. L. et al. Impact of long-term treatment with ivermectin on the prevalence and intensity of soil-transmitted helminth infections. PLoS Negl Trop Dis 2, e293 (2008).
  • Endara, P. et al. Symptomatic and Subclinical Infection with Rotavirus P[8]G9, Rural Ecuador. Emerging Infectious Diseases 13, 574–580 (2007).
  • Eisenberg, J. N. S. et al. Environmental change and infectious disease: how new roads affect the transmission of diarrheal pathogens in rural Ecuador. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 19460–19465 (2006).
  • Trueba, G. Epidemiological interpretation of fingerprinting profiles from leptospiral isolates. Lett. Appl. Microbiol. 42, 438; author reply 432–433 (2006).
  • Zuerner, R. L. & Trueba, G. A. Characterization of IS1501 mutants of Leptospira interrogans serovar pomona. FEMS Microbiol. Lett. 248, 199–205 (2005).
  • Moncayo, A. C., Lerdthusnee, K., Leon, R., Robich, R. M. & Romoser, W. S. Meconial peritrophic matrix structure, formation, and meconial degeneration in mosquito pupae/pharate adults: histological and ultrastructural aspects. J. Med. Entomol. 42, 939–944 (2005).
  • Trueba, G., Zapata, S., Madrid, K., Cullen, P. & Haake, D. Cell aggregation: a mechanism of pathogenic Leptospira to survive in fresh water. Int. Microbiol. 7, 35–40 (2004).
  • Trueba, G., Zapata, S., Madrid, K. & Peñafiel, N. Adaptación de Leptospira interrogans (sensu stricto) al agua dulce. Revista Cubana de Medicina Tropical 54, (2001).
  • Platt, K. B. et al. Letters to the Editor. Journal of Medical Entomology 38, 772–773 (2001).
  • Platt, K. B. et al. Detection of Dengue Virus Neutralizing Antibodies in Bats from Costa Rica and Ecuador. Journal of Medical Entomology 37, 965–967 (2000).
  • Trueba, G. et al. Detection of Fasciola hepatica infection in a community located in the Ecuadorian Andes. Am. J. Trop. Med. Hyg. 62, 518 (2000)

Libros:

VIROLOGY, AN INTERACTIVE GUIDE

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Servicios

Laboratorio de Microbiología de Alimentos

El Laboratorio de Microbiología de Alimentos cuenta con personal especializado y con metodologías actualizadas para brindar el mejor servicio en Microbiología de Alimentos en indicadores de calidad e inocuidad. Nos basamos en normas estandarizadas a nivel mundial. Nuestro laboratorio está en proceso de acreditación de la Norma ISO 17025 y ofrece los siguientes servicios:

Microbiología de Alimentos:

  • Recuento de aerobios mesófilos. Método AOAC 990.12.
  • Recuento de coliformes y Escherichia coli. Método AOAC 991.14.
  • Recuento de coliformes y Escherichia coli por número más probable. Método BAM 4.
  • Recuento de mohos y levaduras. Método BAM 18.
  • Recuento de Staphylococcus aureus AOAC 2001.05.
  • Recuento de Enterobacterias AOAC 2003.01.
  • Determinación molecular de Salmonella entérica. Método AOAC 2013.09.
  • Determinación molecular de Listeria monocytogenes. AOAC 081203.

Microbiología de muestras de agua:

  • Análisis de agua potable. Standard Methods 9222 B.
  • Análisis de agua purificada envasada. Standard Methods 9222 D, 9213 E y AOAC 990.12

Otros Análisis:

  • Servicio de toma de muestras.
  • Análisis molecular de muestras de alimentos.
  • Identificación molecular de colonias aisladas de varias especies.
  • Índice de fenol para desinfectantes.
  • Análisis microbiológico de superficies en contacto con alimentos.
  • Análisis varios de acuerdo a la necesidad del cliente..
  • Investigación de origen de deterioro en alimentos.

Dirección y contactos:

Diego de Robles s/n y Pampite. Dentro de la Universidad San Francisco de Quito.
Teléfono: 2971700 ext. 1278 o 1317
Lorena Mejía: mmejia@usfq.edu.ec
Joselyn Rivera: jrivera@usfq.edu.ec
Laboratorio: labmicroalimentos@usfq.edu.ec

Laboratorio de Virología

Es un laboratorio que brinda el servicio de diagnóstico molecular veterinario, con personal capacitado en el área de virología. Nos ajustamos a su necesidad de diagnóstico con la estandarización de la prueba para el virus solicitado, ofreciendo los siguientes servicios.

  • Diagnóstico molecular de Mycoplasma hyopneumoniae

Virus

  • Diagnóstico molecular de Influenza (screening).
  • Diagnóstico molecular de Influenza H1N1.
  • Diagnóstico molecular de Influenza H3N2.
  • Estandarización de diagnóstico molecular para otros virus.

Dirección y contactos:

Diego de Robles s/n y Pampite. Dentro de la Universidad San Francisco de Quito.
Teléfono: 2971700 ext. 1315
Sully Márquez: smarqueza@usfq.edu.ec

Laboratorio de Microbiología Clínica

El área de diagnóstico clínico del Instituto de Microbiología, de la Universidad San Francisco de Quito, ofrece el servicio de diagnóstico microbiológico clínico humano a través de metodología tradicional con ensayos cualitativos y semicuantitativos, éstos procesos buscan ser una herramienta de diagnóstico para médicos a través de la identificación de bacterias responsables de infecciones, así como la susceptibilidad antimicrobiana de las mismas, el laboratorio cuenta además con un área de biología molecular para casos especiales en donde no es posible identificar bacterias por ensayos tradiciones y requieran mayor investigación. El laboratorio ofrece los siguientes servicios:

  • Urocultivo y Antibiograma.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Vaginal.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Uretral.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Faríngea.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción O Exudado Ótico.
  • Cultivo y Antibiograma Secreción Ocular.
  • Cultivo y Antibiograma de Líquido Seminal.
  • Cultivo y Antibiograma de Líquido Sinovial.
  • Cultivo y Antibiograma de Líquido Cefalorraquídeo.
  • Cultivo y Antibiograma de Esputo.
  • Investigación de Streptococcus Grupo B.
  • Investigación de Hongos Dermatophytos.
  • Cultivo y Antibiograma de Heridas.
  • Cultivo y Antibiograma de Abscesos.
  • Cultivo y Antibiograma otros Líquidos.
  • Cultivo y Antibiograma otras Secreciones.
  • Coprocultivo y Antibiograma.
  • Hemocultivo y antibiograma.
    • Análisis Molecular.

Adicionalmente, el Instituto de Microbiología de la USFQ presta los servicios de diagnóstico molecular de 33 genotipos del virus de papiloma humano (HPV), entre alto y bajo riesgo, y la detección molecular simultánea de un conjunto de enfermedades de transmisión sexual (ETS) que incluyen los siguientes parásitos, bacterias y virus:

  • Chlamydia trachomatis.
  • Neisseria gonorrhoeae.
  • Trichomona vaginalis.
  • Mycoplasma genitalium.
  • Mycoplasma hominis.
  • Ureaplasma urealyticum/parvum.
  • Herpes simplex virus 1.
  • Herpes simplex virus 2.
  • HPV6.
  • HPV11.

El diagnóstico de HPV y otras ETS se realiza a partir de tecnología GenoFlow de Diagcor® que combina la reacción en cadena de la polimerasa con tecnología de hibridación.

Dirección y contactos:

Diego de Robles s/n y Pampite. Dentro de la Universidad San Francisco de Quito.

Microbiología Clínica
Cristina Chávez: achavez@usfq.edu.ec
Teléfono: 2971700 ext. 1319

Diagnóstico Molecular
Juan Mosquera: jdmosquera@usfq.edu.ec
Teléfono: 2971700 ext. 2051

Alianzas

University of Michigan
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera.

Northern Arizona University
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

The George Washington University
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Emory University
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Université de Reims Champagne-Ardenne
País: Francia.
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Universidad Central del Ecuador
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

University of California
País: Estados Unidos
Tipo de Cooperación: Financiera, académica e investigación.

Royal Tropical Institute
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública – INSPI
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Parque Nacional Galápagos.
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Universidad Nacional de Misiones.
País: Argentina.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Universidad de Sao Paulo.
País: Brasil.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Universidad Politécnica Salesiana.
País: Ecuador.
Tipo de Cooperación: Investigación.

University of Southern Florida.
País: Estados Unidos.
Tipo de Cooperación: Investigación.

Workshops

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Congresos

Próximos congresos 2019

JUL
15

International Symposium On Phlebotamine Sandflies

ISOPS started as an opportunity to gather scientist from different cointries to discuss researsh findings in Phlebotamine sandflies. The first symposium was held in Rome, in 1991, and for the tenth edition, Ecuador was chosen as venue... + More

COngresos 2018

JUL
24

II Congreso de Microbiología de la USFQ 2018

El Congreso busca exponer estudios de investigación de los distintos microorganismos, sus interacciones con el medio ambiente, la salud y el sector industrial. Busca promover también futuras colaboraciones de investigación en las áreas aplicadas de Microbiología en Ecuador, un país con la mayor diversidad biológica en el mundo. + Leer más

Congresos 2016

NOV
4

I Congreso de Microbiología de la USFQ 2016

El Congreso busca exponer estudios de investigación de los distintos microorganismos, sus interacciones con el medio ambiente, la salud y el sector industrial. Busca promover también futuras colaboraciones de investigación en las áreas aplicadas de Microbiología en Ecuador...
+ Leer más

Nuestros estudiantes

Estudiantes de maestría

Santiago Xavier Naranjo Rivadeneira

Título: Identificación de los virus de EHDV (Epizootic hemorrhagic disease virus) y BTV (Blue Tongue Virus) en Culicoides insignis
Tutor: Sonia Zapata
Las enfermedades causadas por orbivirus tales como lengua azul y enfermedad epizoótica hemorrágica ocasionan pérdidas económicas importantes en ganadería y producción animal. La evidencia sugiere que C. insignis podría ser el vector de los orbivirus EHDV y BTV en América, por lo tanto, se requiere confirmar la presencia de estos virus en esta especie y otras relacionadas

Andrea Macías Matamoros

Título: Estudio de la bioactividad antiparasitaria de productos naturales obtenidos de fuentes biológicas del Ecuador
Tutor: Patricio Rojas Silva
El Ecuador posee una alta diversidad de especies biológicas que necesitan ser estudiadas para comprender su bioactividad. Con la obtención de extractos naturales se espera conocer sus efectos, y proponer nuevas opciones para el descubrimiento de nuevos agentes quimioterapéuticos para destinarlas a enfermedades parasitaria

Belén Rebeca Cortéz Zambrano

Título: Estudio Piloto de resistencia a Antibióticos y Metales Pesados
Tutor: Gabriel Trueba
El estudio consiste en la selección de bacterias resistentes a 10 ppm de mercurio provenientes de filtración de agua de ríos con presencia de minería ilegal. Dentro de los estudios moleculares, se realiza la amplificación del gen merA y 16S para confirmar la resistencia al mercurio y caracterizar a los aislados. Finalmente, la determinación del perfil de resistencia a 12 antibióticos pertenecientes a diferentes clases.

Viviana Atalía Albán Marañón

Título: Identificación de patógenos zoonóticos en muestras de animales domésticos en la provincia de Esmeraldas.
Tutor: Gabriel Trueba
Estudio piloto parte del Proyecto ECoMID (Enteropatógenos, Crecimiento, Microbioma y Diarrea) para determinar la frecuencia de Salmonella spp., Campylobacter spp., Cryptosporidium spp., Escherichia coli EPEC and Escherichia coli STEC como patógenos zoonóticos, utilizando la técnica de PCR en tiempo real cuantitativa a partir de muestras de heces de animales en un gradiente urbano rural en la provincia de Esmeraldas.

Carolina Guevara

Título: Caracterización de la microbiota intestinal en una cohorte con déficit del receptor de la hormona de crecimiento (GHRD) en la provincia del Oro
Tutor: Enrique Terán
Estudio en el que se caracterizara la composición de la microbiota intestinal en una cohorte de sujetos con (GHRD) y en sus familiares pareados por sexo y edad. Estableceremos las características de la microbiota y las relacionaremos con el fenotipo metabólico de los sujetos en ambas cohortes.

Stuart Torres

Título: Aislamiento e identificación de fagos líticos para Salmonella entérica
Tutor: Sonia Zapata
La Salmonelosis continúa siendo uno de los mayores problemas de salud pública a nivel mundial incluyendo el Ecuador. Se espera obtener un coctel de bacteriófagos específicos para varios serotipos infecciosos de Salmonella entérica, mediante aislamiento de bacteriófagos únicos, su identificación mediante técnicas moleculares y de serología y su posterior uso en conjunto con un coctel de otros bacteriófagos igualmente aislados e identificados.

Paula Lasso

Título: Formation and characterization of mixed biofilms of Listeria innocua
Tutor: Antonio Machado
Listeria innocua biofilms have been detected on food processing plants surfaces although it usually coexists with other potential or opportunistic pathogens (such as, Listeria monocytogenes, Staphyloccocus aureus or even Candida albicans). However, little is still known about L. innocua and its interactions as mixed biofilm formation with other microorganisms. Therefore, our main goal is to study and to understand the dynamic of single and mixed biofilms from L. innocua, using classic and molecular methodologies.

María Belén Atiencia Carrera

Título: Formation and characterization of Candida albicans biofilms
Tutor: Antonio Machado
Candida albicans biofilms have been detected on several serious infections (such as, oral, genital and systemic fungal infections). Although Candida albicans usually coexists as commensal or opportunistic microorganism on human microbiome in a planktonic form, the presence of biofilms can result in serious problems due to their resistance to antimicrobial agents. So, our main goal is to study and to understand the dynamic of biofilms from several strains of C. albicans, using classic and molecular methodologies.

Valentina Arévalo Granda

Título: Impacto del polimorfismo del gen ABCC11 en el microbioma de la piel de seres humanos
Tutor: Paúl Cárdenas
El efecto del polimorfismo del gen de la piel en el humano denominado ABCC11 puede tener un efecto en el microbioma bacteriano de la piel, que a su vez tendría una influencia en la afinidad de algunas personas para ser blanco de picaduras de mosquitos, por esta razón se está realizando un estudio piloto en personas de la sierra y costa del Ecuador.

Johanna Carolina Molina Tabares

Título: Determinación del posible vector del virus de Oropuche en Ecuador.
Tutor: Sonia Zapata
El virus de Oropouche (OROV) perteneciente a la familia Bunyaviridae es el agente causal de una enfermedad febril aguda autolimitada, la fiebre de Oropouche, transmitida por mosquitos. Los vectores implicados en las transmisiones en el ciclo selvático son los mosquitos Aedes y Culex, mientras que en el ciclo urbano es Culicoides paraensis; por lo que en este estudio se pretende determinar el posible vector biológico en Ecuador mediante el uso de qRT-PCR a partir de Culicoides y Culex spp. colectados en la provincia de Esmeraldas en mayo de 2019.

Estudiantes de doctorado

Sara Gabriela Cifuentes Rodríguez

Título: Caracterización y Análisis del Resistoma del Intestino Humano en Presencia de Probióticos
Tutor: Paúl Cárdenas
Me interesa el estudio del microbioma por su rol en la salud humana y particularmente porque es un reservorio importante de genes de resistencia a los antibióticos en presencia o en ausencia de presión selectiva antibiótica. Mi objetivo es entender, usando herramientas de metagenómica y bioinformática, cuál es el alcance de esta reserva de resistencia y si los probióticos pueden modificarla positivamente.

Ana Yulieth Cárdenas Orrego

Título: Wastewater treatment with native microalgal-bacterial consortia from the Ecuadorian Amazon, Andean Region and Galapagos Islands.
Tutor: Valeria Ochoa-Herrera
The discharge of untreated wastewater effluents, in Ecuador, has become a serious environmental concern. Microalgae-bacteria consortia hold a great potential for wastewater bioremediation as a consequence of their synergistic capacity to degrade organic matter and assimilate nutrients. The objectives of this study are to i) evaluate the elimination of organic matter and nutrients present in the raw wastewater from USFQ by native microalgae-bacteria consortia from the Ecuadorian Amazon, the Andean Region, and the Galapagos Islands and ii) conduct molecular studies of the structure and diversity of the microbial community responsible for the biodegradation process.

Liseth Salinas

Título: Transferencia de resistencia a antibióticos entre cepas de E. coli aisladas de animales domésticos y humanos.
Tutor: Gabriel Trueba
La investigación está enfocada en la transferencia horizontal de genes de resistencia a antibióticos en E. coli. Los principales objetivos son entender el comportamiento de plásmidos y otros elementos genéticos móviles asociados a genes de resistencia a antimicrobianos, así como determinar relaciones filogenéticas existentes entre estas bacterias, aisladas de animales domésticos y humanos.

María Fernanda Zurita

Título: Composición del microbioma pulmonar de pacientes con neumonía que son positivos para VIH.
Tutor: Enrique Terán
El VIH altera el sistema inmunológico. Las neumonías causadas por microorganismos como M. tuberculosis, H. influenzae, P. jirovecci, H. capsulatum, son frecuentes y el microbioma respiratorio junto a los tratamientos antiretrovirales tienen un rol inmunomodulatorio. Este estudio se enfoca en identificar y cuantificar los cambios composicionales y funcionales del microbioma respiratorio en la fase de portador y en la fase SIDA considerando el tratamiento.

María Aracely Zambrano Romero

Título: Sistema integral de tratamiento de drenajes ácidos de roca provenientes de las actividades de minería metálica en el Ecuador.
Tutor: Valeria Ochoa-Herrera, PhD.
Nuestro proyecto de investigación proporciona una perspectiva integral y multidisciplinaria al tratamiento de drenajes ácidos de roca producidos por las actividades de minería metálica en el Ecuador. Mediante modernas técnicas moleculares estudiamos la estructura, dinámica y evolución de las comunidades microbianas y promovemos la biorremediación a partir de inóculos nativos.

Ligia Elizabeth Luna Jarrín

Título: En búsqueda de dos zoonosis asociadas a la pobreza en diferentes provincias del Ecuador.
Tutor: Verónica Barragán
Leptospirosis es una enfermedad zoonótica que tiene una amplia distribución a nivel mundial, (1,2). Siendo las regiones tropicales y subtropicales las de mayor incidencia de casos y brotes (3,4). Estudios han demostrado que una de las mayores fuentes de transmisión de Leptospira spp. son ambientes contaminados con orina de mamíferos infectados, además estudios realizados de muestras ambientales han revelado la gran diversidad de Leptospira identificando nuevas especies potencialmente infecciosas (5). En este contexto nuestra investigación busca estudiar espacios peri domésticos y sus animales como factor de riesgo de transmisión de leptospirosis y conocer los genotipos circulantes en diferentes provincias del Ecuador.

Teresa Guerrero

Título: Bacteriófagos como alternativa al uso de antibióticos en la crianza de aves de corral.
Tutor: Sonia Zapata
La resistencia bacteriana a los antibióticos constituye un problema emergente a nivel mundial, por lo que el empleo de bacteriófagos constituye una alternativa en la producción animal. Mi proyecto se enfoca en el aislamiento y caracterización de fagos que controlan Salmonella en granjas avícolas.

Sully Estefanía Márquez Aguilar

Título: Co-circulación de Zika y Dengue bajo cambio ambiental y urbanización: un estudio longitudinal en Esmeraldas (2018-2023).
Tutor: Gabriel Trueba
Recientemente, se ha observado la expansión de virus transmitidos por mosquitos (Dengue, Chikungunya, Zika, Mayaro y Oropuche) y el re-aparecimiento de otros virus que se pensaban erradicados. Las razones asociadas a esta expansión viral y reaparecimiento están relacionadas con factores tales como la deforestación, la urbanización, el cambio climático y viajes internacionales, es por ello que el proyecto consiste en la detección e identificación de arbovirus en muestras de pacientes febriles y estudiar la co-circulación de los mismos en la provincia de Esmeraldas por 4 años.

Lorena Montero

Título: Ecuadorian produce: an important source of antibiotic resistant bacteria
Tutor: Gabriel Trueba
La transmisión de bacterias (genes) resistentes a los antimicrobianos es uno de los principales problemas de salud pública a nivel mundial. La falta de tratamiento de aguas servidas en el Ecuador permite que las bacterias intestinales humanas estén presentes en altas cantidades en ríos y canales de riego. Algunas bacterias intestinales como E. coli pueden sobrevivir en el medio ambiente fuera del hospedador, son muy activas en la transmisión de genes de resistencia a los antibióticos y pueden volverse patógenas para los humanos. Nuestro objetivo es estudiar la presencia de E. coli con genes de ß-lactamasa de espectro extendido en vegetales vendidos en Quito

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